رایج­ترین کاربرد آزمایش مدفوع تشخیص انواع مختلف انگل­های بیماری زا در روده است. افرادی که تحت آزمایش مدفوع قرار می­گیرند، باید برای مدت ۷ تا ۱۰ روز پیش از انجام این آزمایش از درمان با روغن کرچک یا روغن­های معدنی، بیسموت، منیزیوم، ترکیبات ضد اسهال، تنقیه با باریوم و مصرف آنتی بیوتیک­ها خودداری نمایند. بهتر است این آزمایش در سه نوبت انجام شود. نمونه مدفوع باید مستقیما در ظرفی که از طرف آزمایگشاه در اختیار بیمار قرار می­گیرد جمع آوری شود. اگر بیمار بستری است، نمونه را در یک ظرف خشک جمع آوری نموده و سپس با استفاده از چوب مخصوص (آبسلانگ)، نمونه را به ظرف برچسب دار منتقل نمائید. نمونه مدفوع نباید با ادرار یا آب آلوده شود زیرا ادرار می­تواند برخی از انگل­های فعال را از بین ببرد.

بیماران باید نمونه جمع آوری شده را خصوصا در موارد مشکوک به اسهال خونی بلافاصله به آزمایشگاه تحویل دهند. اگر انجام آزمایش حداکثر تا ۳۰ دقیقه پس از جمع آوری نمونه امکان پذیر نباشد، لازم است تا نمونه در یخچال قرار داده شود.

111